事業者間で収益・費用の計上基準が異なる場合の取扱い
当社（Ａ社）では、検収基準により仕入れを計上しています。ところで、当社と取引先（Ｂ社）の収益、費用の計上基準の違いにより、当社が、10月初旬に検収基準により仕入れを計上したものであっても、取引先が出荷基準によっている場合、31年施行日（平成31年10月１日）前に出荷された商品は旧税率（８％）が適用されるので、取引先（Ｂ社）から、旧税率に基づく消費税額等が記載された請求書が送付されてくるものと考えられます。
このような場合、当社の仕入控除税額の計算はどのように行えばよいですか。
31年新消費税法は、経過措置が適用される場合を除き、31年施行日以後に行われる資産の譲渡等及び課税仕入れ等について適用されます（改正法附則15）。
照会の事例は、Ｂ社がＡ社に対して、26年施行日（平成26年４月１日）から31年施行日の前日（平成31年９月30日）までの間に行った課税資産の譲渡等ですので、Ａ社においても、31年旧消費税法の規定に基づき仕入控除税額の計算を行うこととなります。
出所：国税庁