10 「医療費通知」に記載された負担額と実際の負担額とが異なる場合
医療保険者から送付を受けた「医療費通知」のうち「被保険者等が支払った医療費の額」欄に記載された金額と病院の窓口で実際に支払った医療費の額（領収書に記載された金額）が一致していません。
これは、医療機関の窓口で支払う自己負担額の計算上、10 円未満の金額について端数処理が行われているためと思われますが、医療費控除の額を計算する際にはどちらの金額に基づくべきでしょうか。
社会保険診療に係る医療費について、「医療費通知」上の自己負担額（支払った医療費の額）は、診療報酬点数に単価（10 円）を乗じて算出される医療費の総額に被保険者の自己負担割合を乗じて算出されるため、10 円未満の金額まで記載されます。
一方、ご質問のとおり、通常、医療機関等の窓口で支払う医療費の額は、10 円未満の金額につき端数処理（四捨五入）が行われています。
そのため、「医療費通知」上の自己負担額と窓口で実際に支払った医療費の額が相違する場合がありますが、「医療費通知」に記載された「被保険者等が支払った医療費の額」に基づいて医療費控除の額を計算して差し支えありません。
なお、医療機関等の窓口で実際に支払った金額により医療費控除の額を計算しても差し支えありません。
この場合は、①実際に支払った金額の合計額を「医療費控除の明細書」の「１ 医療費通知に関する事項」の「(2) (1)のうちその年中に実際に支払った医療費の額」欄に記載するか、②実際に支払った金額を「医療費通知」の余白などに付記することになります。
出所：国税庁