問72 社員に支給する通勤手当については、社員は適格請求書発行事業者ではないため、適格請求書の交付を受けることができませんが、仕入税額控除を行うことはできないのですか。
【答】
従業員等で通勤する者に支給する通勤手当のうち、通勤に通常必要と認められる部分の金額については、課税仕入れに係る支払対価の額として取り扱われます（基通11－２－２）。この金額については、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められます（新消法30⑦、新消令49①一ニ、新消規15の４三、インボイス通達４－10）。
なお、帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる「通勤者につき通常必要と認められる部分」については、通勤に通常必要と認められるものであればよく、所得税法施行令第20条の２において規定される非課税とされる通勤手当の金額を超えているかどうかは問いません。
また、この場合の帳簿の記載事項については、問71をご参照ください。
出所：国税庁